ClaSeek NGS Kit Illumina
Opis
Thermo Scientific ClaSeek Library Preparation Kit, kompatybilny z systemem Illumina™ został zaprojektowany do szybkiej i wygodnej konstrukcji bibliotek fragmentów NGS bez uzycia PCR. Zestaw umożliwia tworzenie bibliotek nawet z niewielkich próbek DNA – 500 ng, a w połączeniu z protokołem amplifikacji nawet z 5 ng próbki.
Zestaw wykorzystuje wysoce wydajny protokół konstrukcji zoptymalizowanych bibliotek do NGS łączący 2 etapy konwersji końców oraz dodawanie adapterów w jedną procedurę. Dzięki temu wyeliminowano niepotrzebne etapy pipetowania oraz ograniczono czas pracy użytkownika do 70 min. Zestaw jest odpowiedni do konstrukcji bibliotek fragmentów o długościach 50, 300 oraz 500 pz.
Technika ClaSeek oparta jest o ligację do końców DNA adapterów sekwencjonowania. Końce 5’ oraz 3’ fragmentów DNA poddaje się konwersji w następujący sposób: 5’ – tępienie i fosforylacja; 3’ - dodanie wiszących końców - w zależności od platformy sprzętowej mogą być dodane np. dA. W kolejnym etapie następuje ligacja adapterów do skonwertowanych końców.
System jest zwalidowany do użycia w systemach Illumina™ HiSeq™ oraz MiSeq™.
Właściwości
- Bez reakcji PCR – znacząco eliminuje możliwe odchylenia związane z reakcją PCR, co pozwala na uzyskanie bardziej wiarygodnych wyników sekwencjonowania.
- Elastyczny – uniwersalny protokół dla różnych wielkości próbek (5 ng – 1 µg) oraz długości fragmentów.
- Szybki i wygodny – mniej etapów oczyszczania, krótszy czas pracy z próbką zoptymalizowany mastermix oraz procedura konwersji końców w jednej probówce.
Zastosowanie
- Przygotowanie biblioteki fragmentów DNA do dalszej analizy Next Generation Sequencing.
Skład zestawu
- ClaSeek End Conversion Master Mix, IL
- ClaSeek Ligation Mix, IL
- Woda wolna od nukleaz
Fragmenty DNA z genomu E. coli przygotowane z różnej ilości DNA przy użyciu sytemu Illumina™ oraz zestawów Thermo Scientific ClaSeek Library Preparation Kit zgodnie z zaleceniami producenta (8-10 cykli). Selekcję fragmentów 300 pz wykonano przy pomocy MagJET NGS Cleanup and Size Selection Kit. Stworzone biblioteki przeanalizowano na aparacie Agilent Bioanalyzer 2100™ przy użyciu zestawu High Sensitivity DNA Kit™ (Life Technologies Inc.).
Pocięte gDNA z próbek E. coli (50 ng każdej) zostały poddane konwersji końcówek zgodnie z protokołem. Trzy grupy różnej długości fragmentów DNA zostały wyselekcjonowane, a następnie przeprowadzono amplifikację praz oczyszczanie za pomocą zestawów MagJET. Stworzone biblioteki przeanalizowano na aparacie Agilent Bioanalyzer 2100™ (Life Technologies Inc.).
Dane techniczne
Opakowanie | 12 reak. |